Antes de la colonización europea, el territorio que hoy en día conocemos como México alojó a varias civilizaciones en dos zonas culturales principales: Aridoamérica en el norte, habitada principalmente por cazadores recolectores; y Mesoamérica en las regiones centrales y meridionales, donde prosperaban grandes culturas basadas en la agricultura.
La distinción entre estas dos regiones normalmente se ha basado en características culturales, estrategias de subsistencia y aspectos ecológicos.
Las pruebas arqueológicas sugieren que el límite entre estas dos regiones se trasladó hacia el sur entre los años 900 y 1300 después de Cristo, debido a sequías que duraron varias décadas, y que supuestamente conllevaron la sustitución de poblaciones del México central por pueblos aridoamericanos y quizá al abandono de algunas ciudades mesoamericanas.
Sin embargo, la naturaleza de esos cambios sociales ha estado llena de lagunas y solo ha contado con evidencias arqueológicas.
Aunque el estudio de la variación genética de estas antiguas poblaciones podría ayudar a aclarar las incertidumbres, los datos genómicos de las antiguas poblaciones prehispánicas de México son muy insuficientes
